開業医の概算経費はいつ使える？通常年と法人成りの年の確認ポイント
「開業医の節税に、概算経費というものがあるらしい。うちでも使えるのだろうか」。そんな疑問に、先に答えをお伝えします。
通常年は、平均的な規模の診療所の多くが、社会保険診療報酬5,000万円・医業収入7,000万円という収入要件を超えやすく、対象外になりやすい制度です。一方、開業初年度や法人成りの年などは、候補になります。ただし、要件を満たしても、必ず節税になるわけではありません。
この記事のポイント ● 通常年は、平均規模の診療所の多くが収入要件で対象外になりやすい ● 開業初年度や法人成りの年などは、個人で診療した期間の収入が基準内に収まり、適用候補になる ● 使えるかと得かは別の問題。青色申告特別控除まで含めた最終所得を、金額で比べて判断する
概算経費とは。使うと何が変わるのか
社会保険診療報酬が年50,000千円以下で、医業・歯科医業の総収入が70,000千円以下の個人開業医（個人で歯科医業を営む歯科医師を含みます）は、実際にかかった経費の代わりに、社会保険診療報酬に一定の率を掛けた金額を、社会保険診療分の必要経費にできます。
表1 社会保険診療報酬の区分別の概算経費（単位：千円）
社会保険診療報酬 | 概算経費の計算 | 区分の上限での概算経費 | 実質経費率 |
|---|---|---|---|
25,000以下 | 収入×72% | 18,000 | 72.0% |
25,000超30,000以下 | 収入×70%＋500 | 21,500 | 71.7% |
30,000超40,000以下 | 収入×62%＋2,900 | 27,700 | 69.3% |
40,000超50,000以下 | 収入×57%＋4,900 | 33,400 | 66.8% |
5,000万円の判定は、支払基金や国保連から振り込まれる金額だけでなく、患者さんの窓口負担分を含めて見ます。窓口収入が未収になっていても、受け取らないことにしたものがあっても、「収入すべき金額」として含めます。
7,000万円の判定は、国税庁の付表にある「自由診療の収入等」で見ます。健康診断・人間ドック、予防接種、室料差額などが入る一方、医薬品の仕入れリベート、患者さんからの謝礼金、電話や自動販売機などの手数料、治療器具などの販売収入、地方自治体から支給される休日夜間診療の嘱託料などの雑収入は、医業の収入金額に含めません（令和7年分 収支内訳書付表《医師及び歯科医師用》記載要領｜国税庁）。
平均規模の診療所は、通常年は対象外になりやすい
平均的な診療所の規模感を、第25回医療経済実態調査で見てみます（個人立で入院診療収益のない診療所。前年（度）は令和7年3月末までに終了する直近の事業年〔度〕。第25回医療経済実態調査の報告｜厚生労働省）。
表2 診療科別の施設数・収益・費用率（1施設当たりの平均、単位：千円、費用率は%）
診療科 | 施設数 | 医業収益 | うち外来の保険診療収益 | 費用率 |
|---|---|---|---|---|
内科 | 237 | 88,148 | 76,110 | 72.3% |
小児科 | 29 | 119,562 | 85,355 | 68.9% |
精神科 | 24 | 53,176 | 48,915 | 62.8% |
外科 | 17 | 113,178 | 94,782 | 76.2% |
整形外科 | 39 | 110,491 | 94,964 | 72.7% |
産婦人科 | 9 | 56,556 | 38,294 | 80.5% |
眼科 | 41 | 105,074 | 101,056 | 65.7% |
耳鼻咽喉科 | 28 | 83,912 | 81,430 | 62.1% |
皮膚科 | 33 | 64,060 | 54,130 | 73.9% |
全体（その他14施設を含む） | 471 | 90,142 | 78,186 | 71.0% |
※費用率は、第25回医療経済実態調査に掲載された医業・介護費用の構成比です。分母は、原則として新型コロナウイルス感染症関連の補助金を除いた医業収益と介護収益の合計で、表の「医業収益」だけを分母に再計算した率ではありません。個人立では開設者（院長）の報酬は費用に含まれません。調査上の医業収益・外来の保険診療収益は、措置法26条の5,000万円・7,000万円の判定額とは完全には一致しません。
外来の保険診療収益の平均が50,000千円を超える診療科は、9科中7科（精神科と産婦人科を除く）です。平均規模の診療所は、有利不利を比べる前に、収入要件から外れている可能性が高いと言えます。
通常年は対象外でも、適用候補になる年
通常年は対象外になりやすいといっても、特定のタイミングでしか使えない制度ではありません。
通常年でも、収入が基準内に収まる小規模な診療所は候補になります。そのうえで、とくに候補になりやすいのは、次のような年です。
開業初年度。 開業時期が遅いほど、1年間の社会保険診療報酬は小さくなり、50,000千円以下に収まりやすくなります。
年の途中で医療法人になった年。 個人として診療する期間が短くなるため、通常年は超えていた基準内に、個人期間の収入が収まることがあります。
休診や移転などで年間収入が下がった年。 社会保険診療報酬が基準内に収まれば、候補に入ります。
法人成りの年は、収入と経費の帰属にも注意が必要です。個人診療所時代の診療報酬は、医療法人の設立後に入金されても、原則として診療した時期などに基づいて、個人側のものかどうかを確認します。個人と医療法人の双方で概算経費が使える場合もありますが、個人側は措置法26条、医療法人側は措置法67条で、別々に判定します。
使えるなら得なのか。青色申告特別控除まで含めて比べる
収入の要件を満たしている場合、社会保険診療分の実額経費を出して、概算経費と比べます。社会保険診療だけに対応する経費と、自由診療だけに対応する経費を分け、両方に共通する経費は、診療実日数か収入金額の割合で按分します。収入割合を使う場合は、診療科別の調整率（眼科・外科・整形外科80%、産婦人科・歯科75%、それ以外〔美容整形を除く〕85%）を掛けます（令和7年分 青色申告決算書付表《医師及び歯科医師用》記載要領｜国税庁）。
比べるときに間違えやすいのが、実質経費率です。表1の66.8〜72.0%という範囲だけで判定してはいけません。実質経費率は、自院の社会保険診療報酬額で一つに決まります。たとえば社会保険診療報酬が49,000千円なら、概算経費は32,830千円（49,000×57%＋4,900、実質経費率は67.0%）です。社会保険診療分の実額経費率が70%なら、実額経費は34,300千円となり、範囲内の率でも実額経費の方が大きくなります。
もう一つ見落としやすいのが、青色申告特別控除です。概算経費を使うと、社会保険診療の部分の所得は、青色申告特別控除の対象から外れます。控除を受けられるのは、自由診療など、社会保険診療以外の部分の所得の範囲までです（令和7年分 青色申告決算書付表《医師及び歯科医師用》記載要領｜国税庁）。
つまり、65万円の控除を受けている診療所でも、自由診療などの所得が65万円以上あれば、控除はそのまま使えます。一方、保険診療がほとんどの診療所では、控除が65万円より小さくなり、ゼロになることもあります。概算経費で経費が増えても、控除が減った分だけ差は縮まり、逆転することもあり得ます。経費の差だけでなく、控除の減少まで含めた最終的な所得で比べてください。
申告後の選び直しは、原則としてできない
法定申告期限後に、単に有利な方法へ選び直す目的で、実額経費から概算経費へ変更する更正の請求は、原則として認められません（社会保険診療報酬の所得計算の特例｜国税不服審判所）。だからこそ、比較は申告前にしておく必要があります。
よくある質問
Q1．概算経費は、誰でも使えますか。 社会保険診療報酬が50,000千円以下で、医業・歯科医業の総収入が70,000千円以下の、個人開業医と個人で歯科医業を営む歯科医師です。青色申告でも白色申告でも、付表を申告書とともに提出します。
Q2．通常年は使えず、法人成りの年だけ使える制度ですか。 そうとは限りません。法人成りの年は個人期間の収入が基準内に収まりやすいというだけで、通常年でも、収入が基準内に収まる診療所は対象になります。そのうえで、実額経費との比較で有利かどうかを判断します。
Q3．申告のあとで、概算経費に切り替えられますか。 法定申告期限後に、有利な方へ選び直す目的で、実額経費から概算経費へ変更する更正の請求は、原則として認められません。計算の誤りの訂正など、別の事情がある場合は取扱いが異なりますので、個別に確認が必要です。
まとめ
通常年は、平均規模の診療所の多くが収入要件で対象外になりやすく、開業初年度や法人成りの年などは候補になります。そして、使えるかどうかと、得かどうかは別です。社会保険診療分の実額経費と概算経費を比べ、青色申告特別控除の減少まで含めた最終所得を、金額で確かめてください。
執筆者：税理士 鈴木貴之（東京税理士会 上野支部・登録番号 第147721号）
※本記事は2026年10月時点の情報です。各リンクの参照日は2026年10月5日です。診療科別の数字は平均値で、個々の診療所の有利不利を示すものではありません。税務上の取扱いは、個別の事情により異なります。
